Fue un reconocido defensor de derechos humanos e integrante del Movimiento Indígena Lenca de La Paz – Honduras (MILPAH). Su labor se centró en la defensa del derecho al agua, la tierra y el territorio de las comunidades lencas del municipio de Santa Elena, departamento de La Paz. Desde su participación en MILPAH, denunció públicamente los abusos de empresas extractivas y los procesos de despojo territorial que afectaban a su comunidad.
El 4 de enero de 2015, su cuerpo fue encontrado con signos de tortura en el pueblo de Tapuyman, municipio de Santa Elena. Según las investigaciones preliminares, el asesinato ocurrió el 4 de enero de 2015, en circunstancias que evidencian un ataque directo por su labor de defensa territorial. Su muerte se enmarca en un contexto de hostigamiento y criminalización contra líderes lencas que se oponen a proyectos extractivos y a la apropiación irregular de tierras comunitarias.
A la fecha, las autoridades no han identificado ni procesado a los responsables materiales e intelectuales del asesinato, lo que mantiene en la impunidad el crimen contra Juan Francisco Martínez. Su caso refleja la vulnerabilidad que enfrentan los defensores indígenas en Honduras y la falta de protección estatal a las comunidades que ejercen la defensa pacífica de sus territorios.
